CURSO DE BIOINFORMATICA

Descargas Bloque III

 

PRESENTACIONES

 

1. Introducción a las tecnologias de nueva generación

2. Manejo inicial de datos

3. Estrategias de ensamble

4. Validación de ensamble

 

EJERCICIOS:

 

DATOS:
https://www.dropbox.com/s/k25pfhhky1qt3ar/Genome_03.tar.gz
https://www.dropbox.com/s/rk8vrtgiqbmepe5/ensamblado_genoma.tar.gz
https://www.dropbox.com/s/vye82lyajfftzue/metagenomas.tar.gz
https://www.dropbox.com/s/ox1ukckjyow27bx/Programas.tar.gz

https://www.dropbox.com/s/z3p3urkyl53fmw0/ensamblado_mira.tar.gz?dl=0

 

 

PROGRAMAS NECESARIOS:

(Instalar desde el repositorio sudo apt-get install)

 

fastx-toolkit
fastqc
trimmomatic
seqprep

mummer
mauve
soapdenovo
mira-assembler

mira-doc
velvet
velvet-long
bio-linux-tablet
gnx-tools

seaview

bio-linux-artemis
 

 

 

 

OTROS PROGRAMAS

En caso de no poder instalar Mauve, descarguenlo desde aqui:
http://darlinglab.org/mauve/download.html

También descarguen ACT desde:
http://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis-comparison-tool-act

GapFiller:
https://www.dropbox.com/s/tzl3swd4ykz0fv6/GapFiller_v1-10_linux-x86_64.tar.gz?dl=0

y Mugsy (mugsy_x86-64-v1r2.3.tgz)
https://sourceforge.net/projects/mugsy/files/

 

Pear
A este lo pueden bajar desde esta liga:
http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/
bajen el codigo fuente e intenten instalaro siguiendo las instrucciones del README que viene dentro